Attachez bien votre ceinture! The Magic School Bus est de retour, prêt pour de nouvelles aventures! Fiona, la petite soeur du professeur Frizzle, commence tout juste à enseigner à l'école élémentaire de Walkerville, mais elle adopte la même philosophie que sa soeur : prends des risques, fais des erreurs et n'aie pas peur du désordre! Lorsque la classe décide de se rendre à Hawaii pour son prochain voyage éducatif, les élèves s'attendaient à du repos, de la relaxation et du surf. Mais quand Wanda essaie de sauver un poisson en proie à un requin géant, c'est elle qui se retrouve en péril. Par chance, sa classe lui viendra en aide grâce à ce qu'ils ont appris sur les bancs de leurs nouveaux amis, les poissons!