Lorsque Mary Lennox, nouvellement orpheline, quitte son Inde natale et arrive dans le manoir de son oncle dans le Yorkshire, tout lui semble étrange. C'est alors que Mary entend parler d'un jardin mystérieux et négligé. Avec l'aide de quelques nouveaux amis, elle projette de découvrir ses secrets ... et de le faire fleurir à nouveau.