La guerre arrive dans le continent de Fódlan. Ici, l'ordre est maintenu par l'Église de Seiros depuis son quartier général du monastère de Garreg Mach, maison de l'Académie des officiers, où vous êtes invité à entraîner l'une de ses trois maisons : les Aigles de jais, les Lions de saphir et les Cerfs d'or. Quelle maison choisirez-vous? En tant que leur professeur, vous devez mener vos étudiants en classe et lors des combats tactiques de jeu de rôles avec de nouveaux rebondissements stratégiques à maîtriser.