Tout est calme au quartier général des Trois Mousquetaires. Beaucoup trop calme, en fait, au goût des jeunes détectives, qui commencent à s'ennuyer ferme. Mais quand oncle Géo les appelle de Petit-Rocher pour leur annoncer que le fameux bateau fantôme de la baie des Chaleurs est de retour, c'est le branle-bas de combat. Sans l'aide du professeur Jarnigoine, qui est parti sans laisser d'adresse, ils devront se débrouiller pour élucider un mystère qui se complique à chaque tournant. D'où viennent ces voix qui annoncent les prochaines manifestations du bateau fantôme ? Qui est ce mystérieux pirate dont tout le monde parle, mais que très peu ont vu en personne ? Quel secret se cache derrière les portes de cette nouvelle usine d'énergie propre, qui est gardée comme un palais royal et dont l'énigmatique propriétaire préfère rester en permanence dans son yacht luxueux ? Et pourquoi deux sinistres individus se mettent-ils à surveiller les allées et venues de nos jeunes amis dès leur arrivée dans le village ? Les Trois Mousquetaires devront faire preuve d'imagination et jouer d'audace comme jamais auparavant pour percer le mystère du bateau fantôme de Petit-Rocher.