Terry McGinnis a vaincu l'I.A. maléfique qui contrôlait Néo-Gotham et s'est affirmé comme le seul véritable Batman, mais sa prochaine bataille l'amènera sur les vestiges de la vieille Gotham. Des enfants disparaissent et sont avalés par les vieux os de la ville. Batman Beyond devra aller sous terre, sous la direction d'un mystérieux splicer nommé Kyle le Catboi, pour retrouver les enfants et affronter les péchés enfouis de la ville.