Malgré l'interdiction déroutante de la musique imposée par sa famille depuis des générations, Miguel (voix du nouveau venu Anthony Gonzalez) rêve de devenir un musicien accompli comme son idole, Ernesto de la Cruz (voix de Benjamin Bratt). Désespéré de prouver son talent, Miguel se retrouve dans le magnifique et coloré Pays des Morts à la suite d'une mystérieuse chaîne d'événements. En chemin, il rencontre le charmant filou Hector (voix de Gael Garcia Bernal) et ensemble, ils se lancent dans un voyage extraordinaire pour découvrir la véritable histoire de la famille de Miguel.